Ochrana vod a efektivní nakládání s nimi i jejich návrat do krajiny zasažené těžební činností patří dlouhodobě k prioritám enviromentální politiky společnosti Sokolovská uhelná. Firma především dlouhodobě investuje v rámci svých provozů do moderních technologií které pozitivně ovlivňují jak snižování spotřeby, tak následné čištění vod využitých ve výrobním cyklu.
Zatímco ochrana ovzduší se stala významným tématem již v 80. letech minulého století, skutečně razantní opatření týkající se ochrany vod byla realizována až po vzniku společnosti Sokolovská uhelná.
Především šlo o rozsáhlou modernizaci čištění plynárenských vod, a biologické čistírny odpadních vod ve Vřesové. Díky těmto investicím se podařilo společnosti dosáhnout vysoké účinnosti čištění.
Velký význam v této oblasti mělo také v 90. letech vybudování úpravny důlních vod ve Svatavě, která od roku 2002 upravuje, vedle vod z lomu Medard, také důlní vody z hlubiny Jiří. Postupně jsou na čistírnu převáděny i vody z ostatních lokalit. Další čistírnu vod pak společnost provozuje ve svém areálu ÚTT v Citicích.
Dlouhodobě pak jsou v rámci ostatních investičních akcích ve společnosti implementovány technologie snižující spotřebu vody jak pro technologický proces výroby, tak například i pro chladící okruhy.
Část těchto vod je navíc po technologickém dočišťování znovu využívána v jednotlivých provozech.
Zásadní roli v oblasti nakládání s vodami pak hrají rekultivační a revitalizační projekty realizované společností Sokolovská uhelná. Při těch jsou v krajině znovu obnovovány vodní plochy, nahrazující ty, které v minulosti zanikly v důsledku těžby hnědého uhlí. V rámci tvorby nových biotopů pak jsou do některých z takto vzniklých oblastí cíleně transferováni živočichové z území ležících ve směru postupu těžby.